| Universidad Virtual del Estado de GuanajuatoPurísima del Rincón · Public | 36,706 | 5,129 | 1,165 | 1 |
| Universidad de GuanajuatoLeón · Public | 30,820 | 5,085 | 2,130 | 13 |
| Instituto Universitario del Centro de MexicoLeón · Private | 20,465 | 1,044 | 879 | 30 |
| Universidad de LeónLeón · Private | 8,869 | 1,844 | 1,703 | 14 |
| Universidad de la Salle BajioLeón · Private | 8,339 | 1,937 | 1,675 | 1 |
| Instituto Tecnologico Superior de IrapuatoIrapuato · Public | 7,720 | 1,214 | 1,041 | 6 |
| Universidad Tecnologica de LeonLeón · Public | 7,142 | 2,495 | 2,784 | 2 |
| Instituto Tecnologico de CelayaCelaya · Public | 6,945 | 1,577 | 1,300 | 2 |
| Universidad Interactiva y a Distancia del Estado de GuanajuatoIrapuato · Public | 6,884 | 1,217 | 753 | 13 |
| Universidad Tecnologica de MexicoLeón · Private | 5,909 | 636 | 448 | 1 |
| Universidad de Estudios Profesionales de CienciasLeón · Private | 5,503 | 678 | 359 | 2 |
| Universidad Politecnica de GuanajuatoCortazar · Public | 4,267 | 443 | 275 | 1 |
| Instituto Tecnologico 24 de LeonLeón · Public | 3,761 | 568 | 472 | 2 |
| Colegio Universitario de YahualicaSan Francisco del Rincón · Private | 3,446 | 766 | 535 | 2 |
| Universidad IberoamericanaLeón · Private | 3,435 | 443 | 177 | 1 |
| Instituto Tecnologico de RoqueCelaya · Public | 3,032 | 378 | 572 | 2 |
| Universidad Continente AmericanoCelaya · Private | 2,911 | 640 | 518 | 15 |
| Unidad Profesional Interdisciplinaria de Ingenieria del IPNSilao de la Victoria · Public | 2,611 | 514 | 231 | 1 |
| Instituto IrapuatoIrapuato · Private | 2,565 | 508 | 537 | 1 |
| Universidad Tecnologica del Norte de GuanajuatoDolores Hidalgo Cuna de la Independencia Nacional · Public | 2,485 | 964 | 924 | 2 |
| Universidad del Centro del BajioCelaya · Private | 2,248 | 564 | 509 | 1 |
| Universidad Tecnologica del Suroeste de GuanajuatoValle de Santiago · Public | 2,121 | 808 | 793 | 1 |
| Universidad QuetzalcoatlIrapuato · Private | 2,107 | 357 | 367 | 1 |
| Instituto Tecnologico Superior de Purisima del RinconPurísima del Rincón · Public | 2,018 | 345 | 201 | 3 |
| Universidad Tecnologica de SalamancaSalamanca · Public | 1,999 | 833 | 826 | 1 |
| Universidad de CelayaCelaya · Private | 1,807 | 419 | 373 | 1 |
| Instituto Tecnologico Superior de AbasoloAbasolo · Public | 1,700 | 227 | 287 | 1 |
| Universidad Tecnologica de San Miguel de AllendeSan Miguel de Allende · Public | 1,615 | 429 | 430 | 2 |
| Universidad Politecnica del BicentenarioSilao de la Victoria · Public | 1,589 | 212 | 0 | 1 |
| Instituto Tecnologico Superior de SalvatierraSalvatierra · Public | 1,578 | 199 | 138 | 1 |
| Instituto Tecnologico Superior del Sur de GuanajuatoUriangato · Public | 1,568 | 212 | 184 | 1 |
| Universidad Latina de MexicoCelaya · Private | 1,407 | 193 | 164 | 7 |
| Universidad Humani MundialLeón · Private | 1,331 | 198 | 135 | 4 |
| Universidad Politecnica de PenjamoPénjamo · Public | 1,316 | 311 | 374 | 1 |
| Instituto Universitario Contemporáneo de las AméricasAcámbaro · Private | 1,277 | 433 | 716 | 1 |
| Instituto Tecnologico Superior de GuanajuatoGuanajuato · Public | 1,245 | 140 | 72 | 1 |
| Universidad Politecnica de Juventino RosasSanta Cruz de Juventino Rosas · Public | 1,243 | 293 | 260 | 1 |
| Universidad Insurgentes Plantel LeonLeón · Private | 1,111 | 149 | 121 | 1 |
| Universidad Nacional Autónoma de MéxicoLeón · Public | 1,108 | 283 | 197 | 1 |
| Universidad Pedagógica Nacional Unidad 112 CelayaCelaya · Public | 978 | 203 | 145 | 1 |
| Instituto de Estudios Superiores del BajioCelaya · Private | 905 | 143 | 155 | 2 |
| Escuela Normal Oficial de IrapuatoIrapuato · Public | 855 | 176 | 154 | 1 |
| Escuela Normal Oficial de LeonLeón · Public | 830 | 206 | 207 | 1 |
| Universidad PatriaSan Miguel de Allende · Private | 729 | 153 | 153 | 2 |
| Universidad de la Salle Bajío, Campus SalamancaSalamanca · Private | 633 | 217 | 154 | 1 |
| Escuela Normal Superior Oficial de GuanajuatoGuanajuato · Public | 627 | 151 | 151 | 1 |
| Universidad Privada de IrapuatoIrapuato · Private | 622 | 105 | 92 | 1 |
| Colegio Juan Pablo IILeón · Private | 620 | 127 | 89 | 1 |
| Instituto León de los AldamaLeón · Private | 601 | 63 | 63 | 1 |
| Universidad Pedagógica Nacional Unidad 113 LeónLeón · Public | 600 | 163 | 78 | 1 |
| Benemerita y Centenaria Escuela Normal Oficial deGuanajuato · Public | 598 | 196 | 172 | 1 |
| ITESM Campus LeonLeón · Private | 591 | 111 | 111 | 1 |
| Instituto de Ciencias MetropolitanoMoroleón · Private | 565 | 83 | 60 | 1 |
| Universidad Pedagógica Nacional Unidad 111 GuanajuatoGuanajuato · Public | 519 | 145 | 87 | 3 |
| Colegio Libre de Estudios UniversitariosLeón · Private | 453 | 56 | 97 | 1 |
| Centro Universitario de GuanajuatoPénjamo · Private | 448 | 105 | 103 | 3 |
| Universidad Incarnate Word Campus BajioIrapuato · Private | 431 | 114 | 201 | 1 |
| Colegio de Estudios de Postgrado del BajíoLeón · Private | 419 | 140 | 109 | 2 |
| Centro de Estudios Superiores de Educacion EspecializadaLeón · Public | 412 | 71 | 52 | 1 |
| Grupo Educativo Imei Plantel AcambaroAcámbaro · Private | 390 | 68 | 11 | 2 |
| Centro de Investigacion en MatematicasGuanajuato · Public | 354 | 118 | 109 | 1 |
| Utec CelayaCelaya · Private | 340 | 60 | 45 | 1 |
| Colegio Universitario BicentenarioDolores Hidalgo Cuna de la Independencia Nacional · Private | 339 | 24 | 10 | 1 |
| Universidad Tecnologica Laja BajioCelaya · Public | 329 | 113 | 62 | 1 |
| Universidad San Andrés de GuanajuatoLeón · Private | 324 | 0 | 0 | 1 |
| Complejo Educativo Leonardo Da VinciIrapuato · Private | 322 | 78 | 53 | 1 |
| Escuela Bancaria y Comercial Campus LeonLeón · Private | 320 | 100 | 117 | 1 |
| Centro de Estudios Superiores AllendeSan Miguel de Allende · Private | 283 | 41 | 44 | 1 |
| Justo SierraCelaya · Private | 280 | 93 | 71 | 2 |
| Centro Universitario de Negocios del BajioSalamanca · Private | 259 | 83 | 50 | 2 |
| Escuela de Educación Superior MetropolitanaMoroleón · Private | 259 | 51 | 30 | 1 |
| Instituto Tecnologico Sanmiguelense de Estudios SuSan Miguel de Allende · Private | 237 | 36 | 11 | 1 |
| Centro de Estudios Superiores de CortazarCortazar · Private | 235 | 39 | 20 | 1 |
| Universidad del Valle de AtemajacLeón · Private | 228 | 59 | 74 | 1 |
| Fray Andres de San MiguelSalvatierra · Private | 222 | 56 | 56 | 1 |
| Complejo Universitario MagnoLeón · Private | 219 | 21 | 0 | 1 |
| Escuela de Enfermeria Yvette ArandaLeón · Private | 217 | 37 | 0 | 1 |
| Universidad QuetzalcoatlMoroleón · Private | 206 | 157 | 70 | 2 |
| Instituto de Formacion en Seguridad Publica del EsGuanajuato · Public | 205 | 41 | 16 | 1 |
| Instituto de Educacion Superior Jose VasconcelosLeón · Private | 203 | 61 | 60 | 2 |
| Colegio de Estudios Superiores del Estado de GuanaMoroleón · Private | 187 | 251 | 67 | 1 |
| Centro de Estudios Universitarios GuanajuatoGuanajuato · Private | 185 | 36 | 28 | 1 |
| Colegio de Estudios Universitarios NightingaleLeón · Private | 176 | 18 | 17 | 2 |
| Colegio Universitario Arturo RosenbluethCelaya · Private | 173 | 0 | 10 | 1 |
| Escuela de Estudios E Investigacion JudicialGuanajuato · Public | 173 | 72 | 34 | 1 |
| Complejo Educativo Ignacio AllendeCelaya · Private | 167 | 61 | 61 | 2 |
| Universidad Intercultural del Estado de GuanajuatoComonfort · Public | 158 | 0 | 0 | 1 |
| Centro Universitario San PabloLeón · Private | 151 | 81 | 53 | 1 |
| Colegio Universitario de Estrasburgo, Campus LeónLeón · Private | 143 | 6 | 6 | 1 |
| Centro de Investigacion y de Estudios AvanzadosIrapuato · Public | 141 | 50 | 52 | 1 |
| Universidad Superior BajioCelaya · Private | 136 | 32 | 14 | 1 |
| Centro Universitario IturbideSan José Iturbide · Private | 134 | 11 | 48 | 1 |
| Instituto Latinoamericano de Ciencias y HumanidadeLeón · Private | 134 | 41 | 38 | 1 |
| Centro Universitario CelsusCelaya · Private | 132 | 45 | 20 | 1 |
| Centro Universitario MeridianoLeón · Private | 132 | 24 | 28 | 1 |
| Centro de Estudios Superiores del Bajio Unidad IrapuatoIrapuato · Private | 129 | 24 | 59 | 1 |
| Centro de Estudios Universitarios de ApaseoApaseo el Grande · Private | 129 | 20 | 0 | 1 |
| Complejo Educativo Fray Andrés de San MiguelSalvatierra · Private | 127 | 14 | 13 | 1 |
| Instituto de Estudios Especializados de la Procuraduría de los Derechos Humanos del Estado de GuanajuatoLeón · Public | 124 | 52 | 35 | 1 |
| Crin Instituto Universitario Superior BajíoIrapuato · Private | 123 | 19 | 0 | 1 |
| Liceo San LuisSalvatierra · Private | 121 | 30 | 30 | 1 |
| Garcia Sarmiento de SotomayorSalvatierra · Private | 118 | 29 | 29 | 1 |
| Centro Universitario del Estado de GuanajuatoCelaya · Private | 117 | 21 | 21 | 1 |
| Centro Universitario BarnardLeón · Private | 116 | 0 | 2 | 1 |
| Centro de Estudios Superiores IntercontinentalSilao de la Victoria · Private | 114 | 33 | 25 | 1 |
| 1972 Año de JuarezSalamanca · Private | 104 | 21 | 21 | 1 |
| Educacion Nuevo MilenioCelaya · Private | 104 | 8 | 6 | 2 |
| Universidad Sierra MadreLeón · Private | 103 | 0 | 0 | 1 |