| Universidad Autonoma de YucatanMérida · Public | 19,110 | 3,056 | 2,899 | 16 |
| Universidad del Mayab S.C.Mérida · Private | 8,065 | 1,030 | 881 | 10 |
| Instituto Tecnologico de MeridaMérida · Public | 5,421 | 580 | 647 | 1 |
| Universidad Tecnologica MetropolitanaMérida · Public | 3,374 | 1,158 | 1,151 | 1 |
| Universidad Marista de MeridaMérida · Private | 3,005 | 612 | 579 | 2 |
| Centro de Estudios del MayabMérida · Private | 2,987 | 642 | 480 | 1 |
| Universidad ModeloMérida · Private | 2,845 | 624 | 385 | 2 |
| Universidad Vizcaya de las AmericasMérida · Private | 2,515 | 484 | 418 | 1 |
| Centro de Estudios Superiores C.t.m. "justo Sierra O'reilly.Mérida · Private | 2,343 | 375 | 488 | 5 |
| Centro de Estudios Superiores Francisco de Montejo, A.C.Valladolid · Private | 2,159 | 532 | 429 | 3 |
| Universidad Privada de la PeninsulaMérida · Private | 2,083 | 329 | 322 | 2 |
| Instituto Tecnologico Superior de ValladolidValladolid · Public | 1,516 | 222 | 220 | 1 |
| Centro Educativo Republica de MexicoMérida · Private | 1,452 | 195 | 224 | 1 |
| Instituto Tecnologico de ConkalConkal · Public | 1,407 | 169 | 179 | 1 |
| Universidad del Valle de Mexico, Campus Merida (79 Uvm, S.C.Mérida · Private | 1,385 | 126 | 152 | 1 |
| Instituto Tecnologico de TiziminTizimín · Public | 1,364 | 191 | 204 | 1 |
| Centro Educativo Jose Dolores Rodriguez TamayoMérida · Private | 1,354 | 427 | 419 | 4 |
| Universidad de Valladolid Yucatan A. C.Valladolid · Private | 1,312 | 285 | 309 | 2 |
| Instituto Tecnologico Superior del Sur del Estado de YucatanOxkutzcab · Public | 1,251 | 206 | 228 | 1 |
| Escuela Normal Superior de YucatanMérida · Public | 1,071 | 306 | 246 | 2 |
| Instituto Tecnologico Superior de ProgresoProgreso · Public | 1,050 | 118 | 91 | 1 |
| Universidad del SurMérida · Private | 1,034 | 226 | 189 | 1 |
| Instituto Tecnologico Superior de MotulMotul · Public | 1,010 | 138 | 134 | 1 |
| Instituto Comercial Bancario, A.C.Mérida · Private | 1,003 | 184 | 27 | 1 |
| Universidad Pedagogica Nacional Unidad 31-aMérida · Public | 925 | 187 | 177 | 1 |
| Universidad Interamericana para el Desarrollo Campus MeridaMérida · Private | 919 | 238 | 364 | 1 |
| Universidad de OrienteValladolid · Public | 805 | 228 | 217 | 1 |
| Universidad Mesoamericana de San AgustinMérida · Private | 798 | 497 | 254 | 2 |
| Universidad Tecnologica Regional del SurTekax · Public | 798 | 427 | 353 | 1 |
| Centro Escolar Felipe Carrillo PuertoMérida · Private | 795 | 169 | 273 | 1 |
| Centro Universitario Siglo XxiMérida · Private | 751 | 128 | 96 | 2 |
| Universidad Tecnologica del CentroIzamal · Public | 723 | 335 | 335 | 1 |
| Instituto de Ciencias HumanasMérida · Private | 693 | 141 | 116 | 1 |
| Escuela Bancaria y ComercialMérida · Private | 691 | 135 | 126 | 1 |
| Universidad Tecnologica del MayabPeto · Public | 607 | 263 | 208 | 1 |
| Universidad Politecnica de YucatanUcú · Public | 602 | 83 | 83 | 1 |
| Instituto Escolar del Sureste A. C.Mérida · Private | 600 | 107 | 151 | 2 |
| Universidad HispanoUmán · Private | 558 | 131 | 108 | 1 |
| Universidad Tecnologica del PonienteMaxcanú · Public | 551 | 222 | 164 | 1 |
| Escuela Normal de Educacion Preescolar Profra. Nelly Rosa Montes de Oca y SabidoMérida · Public | 541 | 127 | 117 | 1 |
| Universidad LatinoMérida · Private | 512 | 155 | 93 | 1 |
| Universidad Nacional Autónoma de MéxicoUcú · Public | 511 | 29 | 3 | 2 |
| Universidad Interamericana para el Desarrollo, Campus Francisco de MontejoMérida · Private | 506 | 171 | 73 | 1 |
| Centro de Estudios David Alfaro SiqueirosMérida · Private | 447 | 205 | 111 | 1 |
| Instituto de Estudios Superiores las Americas, A.C.Mérida · Private | 430 | 98 | 146 | 2 |
| Universidad Modelo ValladolidValladolid · Private | 428 | 96 | 26 | 2 |
| Escuela Normal de DzidzantunDzidzantún · Public | 421 | 100 | 100 | 1 |
| Colegio Libre de Estudios UniversitariosUmán · Private | 415 | 72 | 79 | 1 |
| Escuela Normal de TiculTicul · Public | 392 | 87 | 79 | 1 |
| Universidad de las Artes de YucatanMérida · Public | 388 | 62 | 44 | 1 |
| Instituto Superior de Educacion NormalMérida · Private | 387 | 91 | 90 | 2 |
| Universidad InterglobalMérida · Private | 384 | 100 | 90 | 1 |
| Universidad Tec Milenio MeridaMérida · Private | 358 | 74 | 73 | 1 |
| Instituto Universitario del SuresteMérida · Private | 324 | 94 | 99 | 1 |
| Escuela Normal Juan de Dios Rodriguez HerediaValladolid · Public | 283 | 70 | 68 | 1 |
| Universidad Interamericana para el Desarrollo Sede TiziminTizimín · Private | 280 | 47 | 0 | 1 |
| Centro de Formacion Profesional de YucatanMérida · Private | 266 | 67 | 62 | 1 |
| Instituto Superior Jose VasconcelosMérida · Private | 260 | 43 | 16 | 1 |
| Instituto Universitario de YucatanMérida · Private | 259 | 4 | 1 | 1 |
| Centro de Investigacion Cientifica de Yucatan, A.C.Mérida · Public | 229 | 56 | 56 | 1 |
| Rodolfo Menendez de la PeñaMérida · Public | 201 | 65 | 60 | 1 |
| Instituto Educativo de YucatanMérida · Private | 185 | 50 | 61 | 1 |
| Tecnologia Turistica Total, A.C.Mérida · Private | 172 | 68 | 53 | 2 |
| Centro de Estudios el PuertoMérida · Private | 159 | 0 | 0 | 1 |
| Instituto Mexicano del Seguro SocialMérida · Public | 155 | 43 | 20 | 1 |
| Unidad Merida del Centro de Investigacion de Estudios Avanzados del IPNMérida · Public | 150 | 48 | 39 | 1 |
| Escuela de Puericultura del Ste. Dr. Manuel Acevedo Ruiz del H.Mérida · Private | 147 | 42 | 31 | 1 |
| Escuela Superior Turistico AdministrativaMérida · Private | 136 | 0 | 0 | 1 |
| Centro de Estudios Superiores de YucatanTicul · Private | 126 | 29 | 29 | 1 |
| Instituto de Estudios de la Comunicacion de YucatanMérida · Private | 126 | 39 | 80 | 1 |
| Instituto de Estudios Superiores de MotulMotul · Private | 118 | 31 | 28 | 1 |
| Instituto Universitario de OrienteValladolid · Private | 117 | 14 | 15 | 1 |
| Escuela Internacional de ChefsMérida · Private | 116 | 25 | 25 | 1 |