| Universidad Autonoma de YucatanMérida · Public | 20,640 | 3,440 | 3,186 | 16 |
| Universidad del Mayab S.C.Mérida · Private | 8,338 | 1,130 | 1,163 | 10 |
| Instituto Tecnologico de MeridaMérida · Public | 5,108 | 584 | 634 | 1 |
| Universidad Tecnologica MetropolitanaMérida · Public | 3,500 | 1,109 | 18 | 1 |
| Centro de Estudios del MayabMérida · Private | 3,197 | 676 | 903 | 1 |
| Universidad Marista de MeridaMérida · Private | 2,997 | 548 | 697 | 2 |
| Universidad ModeloMérida · Private | 2,825 | 460 | 475 | 2 |
| Centro de Estudios Superiores C.t.m. "justo Sierra O'reilly.Mérida · Private | 2,260 | 420 | 274 | 5 |
| Centro de Estudios Superiores Francisco de Montejo, A.C.Valladolid · Private | 2,216 | 461 | 479 | 3 |
| Universidad Privada de la PeninsulaMérida · Private | 1,981 | 453 | 259 | 2 |
| Universidad del Valle de Mexico, Campus Merida (79 Uvm, S.C.Mérida · Private | 1,663 | 348 | 252 | 1 |
| Universidad Vizcaya de las AmericasMérida · Private | 1,577 | 580 | 331 | 1 |
| Instituto Tecnologico de ConkalConkal · Public | 1,521 | 203 | 158 | 1 |
| Instituto Tecnologico Superior de ValladolidValladolid · Public | 1,497 | 241 | 292 | 1 |
| Instituto Tecnologico de TiziminTizimín · Public | 1,438 | 193 | 172 | 1 |
| Universidad de Valladolid Yucatan A. C.Valladolid · Private | 1,434 | 230 | 260 | 2 |
| Centro Educativo Republica de MexicoMérida · Private | 1,387 | 316 | 398 | 1 |
| Centro Educativo "jose Dolores Rodriguez TamayoMérida · Private | 1,315 | 474 | 312 | 4 |
| Instituto Tecnologico Superior del Sur del Estado de YucatanOxkutzcab · Public | 1,277 | 148 | 200 | 1 |
| Instituto Tecnologico Superior de ProgresoProgreso · Public | 1,085 | 117 | 133 | 1 |
| Escuela Normal Superior de YucatanMérida · Public | 1,028 | 248 | 184 | 2 |
| Instituto Tecnologico Superior de MotulMotul · Public | 1,000 | 145 | 123 | 1 |
| Universidad de OrienteValladolid · Public | 938 | 102 | 192 | 1 |
| Universidad del SurMérida · Private | 936 | 186 | 187 | 2 |
| Universidad Pedagogica Nacional Unidad 31-aMérida · Public | 901 | 242 | 143 | 3 |
| Centro Escolar Felipe Carrillo PuertoMérida · Private | 815 | 208 | 319 | 1 |
| Universidad Mesoamericana de San AgustinMérida · Private | 748 | 447 | 256 | 2 |
| Universidad Tecnologica Regional del SurTekax · Public | 707 | 359 | 513 | 1 |
| Instituto de Ciencias HumanasMérida · Private | 704 | 125 | 138 | 1 |
| Universidad Politecnica de YucatanUcú · Public | 697 | 54 | 0 | 1 |
| Universidad Interamericana para el Desarrollo Campus MeridaMérida · Private | 678 | 195 | 187 | 1 |
| Universidad Tecnologica del MayabPeto · Public | 667 | 263 | 256 | 1 |
| Universidad Tecnologica del CentroIzamal · Public | 659 | 293 | 285 | 1 |
| Instituto Escolar del Sureste A. C.Mérida · Private | 599 | 80 | 84 | 2 |
| Escuela Bancaria y ComercialMérida · Private | 585 | 127 | 143 | 1 |
| Centro Universitario Siglo XxiMérida · Private | 566 | 140 | 121 | 2 |
| Escuela Normal de Educacion Preescolar "profa. Nelly Rosa Montes de Oca y SabidoMérida · Public | 537 | 117 | 117 | 1 |
| Universidad de las Artes de YucatanMérida · Public | 521 | 72 | 60 | 1 |
| Universidad HispanoUmán · Private | 493 | 186 | 133 | 1 |
| Universidad Nacional Autónoma de MéxicoUcú · Public | 490 | 80 | 4 | 2 |
| Universidad Tecnologica del PonienteMaxcanú · Public | 469 | 194 | 194 | 1 |
| Universidad Modelo ValladolidValladolid · Private | 458 | 84 | 65 | 2 |
| Centro de Estudios David Alfaro SiqueirosMérida · Private | 456 | 189 | 129 | 1 |
| Escuela Normal de DzidzantunDzidzantún · Public | 423 | 103 | 103 | 1 |
| Universidad LatinoMérida · Private | 400 | 150 | 162 | 1 |
| Colegio Libre de Estudios UniversitariosUmán · Private | 398 | 85 | 85 | 1 |
| Escuela Normal de TiculTicul · Public | 394 | 96 | 91 | 1 |
| Instituto de Estudios Superiores las Americas, A.C.Mérida · Private | 383 | 128 | 128 | 1 |
| Instituto Superior de Educacion NormalMérida · Private | 372 | 81 | 81 | 2 |
| Instituto Comercial Bancario, A.C.Mérida · Private | 366 | 209 | 73 | 1 |
| Universidad Interamericana para el Desarrollo, Campus Francisco de MontejoMérida · Private | 362 | 125 | 0 | 1 |
| Centro de Estudios el PuertoMérida · Private | 361 | 9 | 0 | 1 |
| Universidad InterglobalMérida · Private | 361 | 85 | 29 | 1 |
| Instituto Universitario del SuresteMérida · Private | 350 | 79 | 167 | 2 |
| Centro de Formacion Profesional de YucatanMérida · Private | 349 | 67 | 59 | 1 |
| Universidad Interamericana para el Desarrollo Sede TiziminTizimín · Private | 333 | 24 | 0 | 1 |
| Instituto Universitario de YucatanMérida · Private | 309 | 0 | 4 | 1 |
| Universidad Tec Milenio MeridaMérida · Private | 288 | 74 | 74 | 1 |
| Escuela Normal Juan de Dios Rodriguez HerediaValladolid · Public | 282 | 66 | 63 | 1 |
| Rodolfo Menendez de la PeñaMérida · Public | 269 | 67 | 65 | 1 |
| Instituto Educativo de YucatanMérida · Private | 255 | 28 | 52 | 1 |
| Instituto Superior Jose VasconcelosMérida · Private | 242 | 66 | 61 | 1 |
| Centro de Investigacion Cientifica de Yucatan, A.C.Mérida · Public | 236 | 44 | 54 | 1 |
| Tecnologia Turistica Total, A.C.Mérida · Private | 204 | 48 | 61 | 2 |
| Centro de Estudios Superiores de YucatanTicul · Private | 151 | 31 | 28 | 1 |
| Instituto Mexicano del Seguro SocialMérida · Public | 146 | 64 | 43 | 1 |
| Escuela Superior Turistico AdministrativaMérida · Private | 145 | 30 | 15 | 1 |
| Escuela Internacional de ChefsMérida · Private | 131 | 20 | 18 | 1 |
| Escuela de Puericultura del Ste. Dr. Manuel Acevedo Ruiz del H.Mérida · Private | 130 | 42 | 47 | 1 |
| Universidad Interamericana del Norte Campus MeridaMérida · Private | 128 | 27 | 55 | 1 |
| Unidad Merida del Centro de Investigacion de Estudios Avanzados del IPNMérida · Public | 122 | 42 | 40 | 1 |
| Instituto Universitario de OrienteValladolid · Private | 120 | 21 | 16 | 1 |
| Instituto Tecnológico de SoftwareMérida · Private | 107 | 0 | 0 | 1 |
| Instituto de Estudios Superiores de MotulMotul · Private | 102 | 20 | 21 | 1 |