| Universidad Autonoma de ChiapasTuxtla Gutiérrez · Public | 30,675 | 4,088 | 3,046 | 40 |
| Universidad de Ciencias y Artes de ChiapasTuxtla Gutiérrez · Public | 9,873 | 1,684 | 1,484 | 27 |
| Universidad IexproTuxtla Gutiérrez · Private | 4,921 | 3,575 | 2,433 | 1 |
| Instituto Tecnologico de Tuxtla GutierrezTuxtla Gutiérrez · Public | 4,902 | 706 | 623 | 1 |
| Universidad Valle del GrijalvaTuxtla Gutiérrez · Private | 4,280 | 1,396 | 1,396 | 4 |
| Universidad Tecnológica de la SelvaOcosingo · Public | 3,395 | 1,057 | 1,047 | 4 |
| Universidad Pablo Guardado ChavezTuxtla Gutiérrez · Private | 3,148 | 834 | 686 | 1 |
| Universidad Politecnica de ChiapasSuchiapa · Public | 3,032 | 658 | 648 | 1 |
| Instituto Profesional de EmprendedoresTuxtla Gutiérrez · Private | 2,760 | 440 | 439 | 4 |
| Centro de Formacion Profesional de Chiapas MayaTuxtla Gutiérrez · Private | 2,724 | 170 | 102 | 2 |
| Instituto Tecnologico de TapachulaTapachula · Public | 2,633 | 427 | 450 | 1 |
| Universidad Intercultural de ChiapasSan Cristóbal de las Casas · Public | 2,548 | 298 | 145 | 5 |
| Universidad del SuresteComitán de Domínguez · Private | 2,115 | 473 | 183 | 5 |
| Instituto Tecnologico de ComitanComitán de Domínguez · Public | 1,891 | 247 | 269 | 1 |
| Instituto de Estudios Superiores de ChiapasTuxtla Gutiérrez · Private | 1,740 | 665 | 321 | 2 |
| Universidad Jose VasconcelosSan Cristóbal de las Casas · Private | 1,633 | 401 | 200 | 1 |
| Instituto de Estudios Superiores de Chiapas Plantel TuxtlaTapachula · Private | 1,463 | 580 | 397 | 5 |
| Universidad de ChiapasTuxtla Gutiérrez · Private | 1,371 | 802 | 345 | 1 |
| Instituto Tecnologico Superior de CintalapaCintalapa de Figueroa · Public | 1,228 | 205 | 348 | 1 |
| Instituto Superior Universitario Amado NervoTuxtla Gutiérrez · Private | 1,136 | 601 | 664 | 1 |
| Universidad del SoconuscoTapachula · Private | 987 | 271 | 259 | 4 |
| Centro Universitario Mesoamericano Joaquin Miguel GutierrezTuxtla Gutiérrez · Private | 975 | 283 | 238 | 2 |
| Universidad Politecnica de TapachulaTapachula · Public | 973 | 175 | 175 | 1 |
| Universidad del TacanaTapachula · Private | 966 | 271 | 221 | 1 |
| Universidad MesoamericanaSan Cristóbal de las Casas · Private | 952 | 326 | 241 | 1 |
| Universidad San CristobalTapachula · Private | 943 | 262 | 206 | 4 |
| Escuela Nacional de Protección Civil Campus ChiapasOcozocoautla de Espinosa · Public | 837 | 207 | 128 | 1 |
| Universidad del Pais InnovaTuxtla Gutiérrez · Private | 774 | 392 | 27 | 1 |
| Universidad de los Altos de ChiapasSan Cristóbal de las Casas · Private | 762 | 180 | 136 | 1 |
| Instituto Universitario de Estudios ChiapasVenustiano Carranza · Private | 750 | 366 | 276 | 5 |
| Instituto de Estudios Superiores del SuresteVillaflores · Private | 720 | 203 | 90 | 1 |
| Tecnológico Universitario TuxtlaTuxtla Gutiérrez · Private | 690 | 0 | 0 | 1 |
| Universidad Privada del Sur de MexicoTuxtla Gutiérrez · Private | 661 | 228 | 68 | 1 |
| Escuela Normal Superior de ChiapasTuxtla Gutiérrez · Public | 657 | 189 | 35 | 1 |
| Instituto de Formacion Academica del Centro y SuresteTuxtla Gutiérrez · Private | 612 | 234 | 166 | 2 |
| Universidad del Pacifico de ChiapasArriaga · Private | 600 | 220 | 206 | 4 |
| Centro de Formación Universitaria Filantrópica InternacionalTapachula · Private | 584 | 286 | 95 | 1 |
| Unidad Profesional Interdisciplinaria de Ingenieria Campus PalenquePalenque · Public | 580 | 42 | 0 | 1 |
| Escuela Normal Rural MactumactzaTuxtla Gutiérrez · Public | 561 | 134 | 133 | 1 |
| Universidad Linda VistaPueblo Nuevo Solistahuacán · Private | 531 | 111 | 37 | 2 |
| Instituto Universitario de Estudios Mexico Plantel San CristobalOcosingo · Private | 505 | 242 | 243 | 5 |
| Universidad CeussTuxtla Gutiérrez · Private | 498 | 502 | 465 | 1 |
| Centro de Estudios Profesionales del GrijalvaPalenque · Private | 472 | 57 | 106 | 4 |
| Instituto Tecnológico de EspecialidadesTuxtla Gutiérrez · Private | 472 | 67 | 67 | 1 |
| Universidad del Sureste de MexicoPijijiapan · Private | 446 | 68 | 135 | 1 |
| Universidad San MarcosTuxtla Gutiérrez · Private | 435 | 132 | 84 | 1 |
| Centro de Estudios de Posgrado ChiapasTuxtla Gutiérrez · Private | 433 | 59 | 58 | 1 |
| Instituto Superior de Estudios de Enfermería del Estado de ChiapasTuxtla Gutiérrez · Public | 429 | 106 | 136 | 1 |
| Centro Universitario San MarcosSan Cristóbal de las Casas · Private | 414 | 62 | 23 | 1 |
| Instituto de Estudios Superiores las Aguilas Plantel las RosasLas Rosas · Private | 405 | 92 | 87 | 2 |
| Escuela de Enfermeria TapachulaTapachula · Public | 404 | 85 | 63 | 1 |
| Universidad Pedagogica Nacional Unidad 071 TuxtlaTuxtla Gutiérrez · Public | 399 | 91 | 45 | 1 |
| Centro Universitario Interamericano del PacificoTapachula · Private | 368 | 66 | 51 | 1 |
| Escuela Bancaria y Comercial ChiapasTuxtla Gutiérrez · Private | 367 | 113 | 154 | 1 |
| Centro de Estudios Superiores Benemerito de las AmericasOcozocoautla de Espinosa · Private | 361 | 57 | 51 | 1 |
| Instituto Universitario de Ciencias en la Estetica HumanaVillaflores · Private | 350 | 86 | 0 | 1 |
| Instituto de Estudios Superiores Sor Juana Ines de la CruzTuxtla Gutiérrez · Private | 334 | 193 | 173 | 2 |
| Escuela Superior de TapachulaTapachula · Private | 332 | 104 | 51 | 2 |
| Centro Internacional de PosgradosTuxtla Gutiérrez · Private | 298 | 0 | 0 | 1 |
| Centro Academico Regional ChiapasCintalapa de Figueroa · Public | 293 | 28 | 20 | 1 |
| Escuela Normal de Licenciatura en Educación Primaria del Estado, Turno MatutinoTuxtla Gutiérrez · Public | 276 | 62 | 56 | 1 |
| Universidad Latinoamericana de MexicoOcozocoautla de Espinosa · Private | 276 | 37 | 59 | 1 |
| Instituto de Estudios Superiores MetropolitanoVillaflores · Private | 267 | 40 | 4 | 1 |
| Escuela Normal de Licenciatura en Educación Primaria "lic. Manuel LarraínzarSan Cristóbal de las Casas · Public | 262 | 59 | 59 | 1 |
| Instituto de Estudios Universitarios GandhiComitán de Domínguez · Private | 262 | 81 | 46 | 1 |
| Universidad Pedagogica Nacional Unidad 072 TapachulaTapachula · Public | 261 | 42 | 61 | 1 |
| Instituto Profesional Educativo del SuresteTuxtla Gutiérrez · Private | 258 | 122 | 36 | 1 |
| Universidad Internacional del Conocimiento E InvestigacionTuxtla Gutiérrez · Private | 255 | 119 | 101 | 2 |
| Facultad Libre de Derecho de ChiapasTuxtla Gutiérrez · Private | 250 | 87 | 85 | 1 |
| Instituto Tecnologico de Frontera ComalapaFrontera Comalapa · Public | 248 | 43 | 0 | 1 |
| Escuela Normal de Licenciatura en Educación Física "pedro Reynol Ozuna HenningTuxtla Gutiérrez · Public | 239 | 69 | 67 | 1 |
| Escuela Normal de Licenciatura en Educación Primaria del Estado, Turno VespertinoTuxtla Gutiérrez · Public | 237 | 60 | 59 | 1 |
| Centro de Estudios Superiores FrailescaVillaflores · Private | 229 | 51 | 0 | 1 |
| Colegio Universitario VersallesTuxtla Gutiérrez · Private | 228 | 85 | 89 | 4 |
| Instituto de Estudios Superiores Manuel Jose de RojasSan Cristóbal de las Casas · Private | 208 | 56 | 45 | 1 |
| Instituto de Estudios Superiores AduanalesTapachula · Private | 205 | 50 | 116 | 1 |
| Instituto Latinoamericano de Estudios Profesionales de ChiapasJiquipilas · Private | 202 | 97 | 81 | 1 |
| Escuela Normal Experimental Fray Matias Antonio de Cordova y OrdoñezSan Cristóbal de las Casas · Public | 200 | 48 | 48 | 1 |
| Escuela Normal Experimental la Enseñanza E Ignacio Manuel AltamiranoTuxtla Chico · Public | 198 | 49 | 49 | 1 |
| Escuela Superior de Trabajo Social Jesus Aquino JuanTuxtla Gutiérrez · Public | 197 | 57 | 64 | 1 |
| Instituto de Estudios Superiores de MezcalapaCopainalá · Private | 197 | 68 | 34 | 1 |
| Universidad del Valle de Mexico, Campus TuxtlaTuxtla Gutiérrez · Private | 194 | 161 | 137 | 1 |
| El Colegio de la Frontera SurSan Cristóbal de las Casas · Public | 192 | 87 | 56 | 2 |
| Escuela Superior de Trabajo Social Jesus Aquino Juan Subsede TapachulaTuxtla Chico · Public | 188 | 42 | 51 | 1 |
| Instituto Universitario PanamericanoTuxtla Gutiérrez · Private | 188 | 98 | 95 | 1 |
| Instituto Superior de Diseño de Modas ManiquieTuxtla Gutiérrez · Private | 185 | 14 | 12 | 1 |
| Escuela de Medicina AlternativaTuxtla Gutiérrez · Private | 184 | 18 | 32 | 1 |
| Universidad Interamericana para el Desarrollo Campus TapachulaTapachula · Private | 184 | 58 | 167 | 1 |
| Centro de Estudios Universitarios de ChiapasSan Cristóbal de las Casas · Private | 179 | 27 | 35 | 1 |
| Instituto de Estudios de PosgradoTuxtla Gutiérrez · Public | 179 | 50 | 130 | 1 |
| Escuela Normal de Licenciatura en Educación Preescolar "rosaura Zapata CanoTuxtla Gutiérrez · Public | 177 | 50 | 50 | 1 |
| Escuela Normal de Licenciatura en Educación Preescolar "bertha Von Glumer y LeyvaTuxtla Gutiérrez · Public | 175 | 49 | 49 | 1 |
| Escuela Normal de Licenciatura en Educación Preescolar y Primaria del Estado, TonaláTonalá · Public | 175 | 61 | 61 | 1 |
| Instituto de Estudios Superiores Emilio Rabasa EstebanellSan Cristóbal de las Casas · Private | 166 | 46 | 44 | 1 |
| Universidad Cientifica E Idiomas de America LatinaSan Cristóbal de las Casas · Private | 163 | 83 | 67 | 1 |
| Escuela de Transformación Humana Claudio NaranjoSan Cristóbal de las Casas · Private | 157 | 49 | 29 | 1 |
| Universidad de Ciencia y Tecnologia DescartesTuxtla Gutiérrez · Private | 157 | 72 | 47 | 1 |
| Escuela Normal de Licenciatura en Educación Primaria "fray Matias de CordovaTapachula · Public | 154 | 40 | 40 | 1 |
| Universidad Linda Vista Plantel Tuxtla GutierrezTuxtla Gutiérrez · Private | 147 | 20 | 39 | 1 |
| Instituto Metropolitano de ChiapasTuxtla Gutiérrez · Private | 144 | 69 | 0 | 1 |
| Centro Universitario en Formacion ArtisticaTapachula · Private | 142 | 44 | 0 | 1 |
| Instituto de Estudios Superiores ComitanComitán de Domínguez · Private | 142 | 49 | 0 | 1 |
| Universidad de los AngelesTuxtla Gutiérrez · Private | 140 | 50 | 0 | 1 |
| Centro Universitario del Valle de ChiapasTonalá · Private | 136 | 36 | 36 | 1 |
| Instituto de Evaluación, Profesionalización y Promoción Docente de ChiapasTuxtla Gutiérrez · Public | 135 | 53 | 0 | 1 |
| Instituto de Estudios Superiores ÁgoraTuxtla Gutiérrez · Private | 134 | 53 | 44 | 1 |
| Escuela Normal de Licenciatura en Educación Física, TapachulaTapachula · Public | 132 | 25 | 28 | 1 |
| Universidad de BachajonChilón · Private | 128 | 39 | 0 | 1 |
| Centro de Estudios en Artes Culinarias y EnologiaTuxtla Gutiérrez · Private | 123 | 31 | 22 | 1 |
| Centro Universitario de Estudios Superiores BuenavistaVilla Corzo · Private | 122 | 0 | 0 | 1 |
| Instituto de Estudios Superiores del ValleJiquipilas · Private | 121 | 0 | 0 | 1 |
| Instituto de Estudios Superiores Frontera SurFrontera Comalapa · Private | 116 | 122 | 93 | 2 |
| Escuela de Terapia Física del Sistema para el Desarrollo Integral de la Familia del Estado de ChiapasTuxtla Gutiérrez · Public | 114 | 41 | 45 | 1 |
| Instituto Universitario UnaepTuxtla Gutiérrez · Private | 110 | 0 | 0 | 1 |
| Instituto en Ciencias de la Salud y Medicina Integral Samuel HahnemannTuxtla Gutiérrez · Private | 103 | 0 | 0 | 1 |
| Instituto de Educacion Superior en Desarrollo Humano SustentableSan Cristóbal de las Casas · Private | 102 | 26 | 7 | 1 |
| Universidad del SurTuxtla Gutiérrez · Private | 102 | 623 | 196 | 2 |
| Colegio Español del SuresteTuxtla Gutiérrez · Private | 101 | 43 | 28 | 1 |
| Instituto Superior LeuzagiPichucalco · Private | 101 | 57 | 30 | 1 |