| Universidad Autonoma de QueretaroQuerétaro · Public | 24,931 | 5,718 | 4,434 | 16 |
| Universidad AnahuacEl Marqués · Private | 7,873 | 824 | 167 | 1 |
| Universidad Tecnologica de QueretaroQuerétaro · Public | 5,410 | 2,390 | 2,259 | 1 |
| Universidad Cuauhtémoc, Plantel QuerétaroQuerétaro · Private | 5,331 | 732 | 637 | 2 |
| Tecnológico Nacional de México, Campus QuerétaroQuerétaro · Public | 5,246 | 687 | 1,161 | 1 |
| Universidad Politecnica de QueretaroEl Marqués · Public | 4,695 | 1,544 | 900 | 1 |
| Universidad Tecnologica de MexicoQuerétaro · Private | 4,629 | 571 | 295 | 1 |
| Universidad del Valle de MexicoQuerétaro · Private | 4,084 | 290 | 508 | 1 |
| Centro de Estudios Superiores del Bajio Campus QueretaroQuerétaro · Private | 4,016 | 830 | 919 | 1 |
| Instituto Tecnologico de Estudios Superiores de Monterrey "unidad QueretaroQuerétaro · Private | 3,894 | 1,300 | 1,300 | 1 |
| Universidad Tecnologica de San Juan del RioSan Juan del Río · Public | 3,243 | 1,381 | 1,253 | 2 |
| Centenaria y Benemerita Escuela Normal del Estado de Queretaro Andres BalvaneraQuerétaro · Public | 2,529 | 807 | 528 | 3 |
| Instituto Tecnologico de San Juan del RioSan Juan del Río · Public | 2,263 | 463 | 366 | 1 |
| Universidad Mondragón MéxicoEl Marqués · Private | 2,155 | 463 | 218 | 1 |
| Universidad Aeronautica en QueretaroColón · Public | 2,127 | 301 | 172 | 1 |
| Universidad de las MujeresQuerétaro · Private | 1,676 | 77 | 36 | 1 |
| Universidad Politecnica de Santa Rosa JaureguiQuerétaro · Public | 1,557 | 465 | 252 | 1 |
| Universidad Pedagogica NacionalQuerétaro · Public | 1,384 | 417 | 283 | 1 |
| Instituto de Estudios Superiores Isima Plantel QueretaroQuerétaro · Private | 1,309 | 319 | 110 | 1 |
| Centro Cultural Universitario de Investigacion Forense y JuridicaPedro Escobedo · Private | 1,142 | 631 | 708 | 1 |
| Universidad de LondresQuerétaro · Private | 1,059 | 203 | 142 | 1 |
| Tecnológico Universitario QuerétaroQuerétaro · Private | 1,046 | 66 | 0 | 1 |
| Universidad Central de QueretaroQuerétaro · Private | 1,032 | 216 | 55 | 1 |
| Arkansas State University CqColón · Private | 988 | 153 | 86 | 1 |
| Centro de Estudios Internacional de QueretaroQuerétaro · Private | 859 | 533 | 247 | 1 |
| Escuela Bancaria y Comercial Campus QueretaroCorregidora · Private | 803 | 223 | 286 | 1 |
| Universidad Marista de Queretaro, A. C.Querétaro · Private | 706 | 194 | 136 | 2 |
| Universidad Nacional Autónoma de MéxicoQuerétaro · Public | 687 | 146 | 100 | 4 |
| Sistema Educativo Cuiep Campus San Juan del RioSan Juan del Río · Private | 558 | 81 | 35 | 1 |
| Universidad Omi Centro de Investigacion, San Juan del RioSan Juan del Río · Private | 551 | 62 | 0 | 1 |
| Universidad Tecnologica de CorregidoraCorregidora · Public | 546 | 151 | 174 | 1 |
| Universidad Privada del BajioSan Juan del Río · Private | 540 | 91 | 36 | 1 |
| Instituto Universitario del Centro de Mexico Campus QueretaroQuerétaro · Private | 517 | 63 | 58 | 1 |
| Universidad Tec Milenio QueretaroCorregidora · Private | 429 | 127 | 127 | 1 |
| Universidad de Estudios Avanzados, Campus QueretaroQuerétaro · Private | 384 | 49 | 44 | 1 |
| Universidad del Valle de Atemajac Plantel QueretaroQuerétaro · Private | 360 | 156 | 137 | 1 |
| UnipleaQuerétaro · Private | 357 | 141 | 0 | 1 |
| Universidad InterglobalQuerétaro · Private | 346 | 67 | 53 | 1 |
| Universidad Mesoamericana Plantel San Juan, S. C.San Juan del Río · Private | 315 | 44 | 61 | 1 |
| Instituto Sanjuanense de Estudios Superiores, A.C.San Juan del Río · Private | 276 | 97 | 52 | 1 |
| Universidad del Desarrollo Profesional Plantel QueretaroQuerétaro · Private | 269 | 64 | 13 | 1 |
| Instituto Universitario Ucap del BajíoJalpan de Serra · Private | 267 | 37 | 37 | 1 |
| Instituto Interamericano de Ciencias de la SaludQuerétaro · Private | 239 | 98 | 140 | 1 |
| Atenas, Estudios SuperioresQuerétaro · Private | 207 | 39 | 20 | 1 |
| Instituto de Desarrollo E Innovación EmprendeCorregidora · Private | 200 | 0 | 0 | 1 |
| Escuela Normal Superior de QuerétaroQuerétaro · Public | 183 | 38 | 38 | 1 |
| Universidad Tecnologica Americana, Campus QueretaroQuerétaro · Private | 178 | 0 | 0 | 1 |
| Educativa MetropolitanaSan Juan del Río · Private | 148 | 25 | 19 | 1 |
| New Element UniversityCorregidora · Private | 145 | 26 | 11 | 1 |
| Universidad del Golfo de Mexico, Campus QueretaroCorregidora · Private | 137 | 35 | 20 | 1 |
| Universidad de las Ciencias Juridicas y SocialesQuerétaro · Private | 135 | 23 | 35 | 1 |
| Alser Centro UniversitarioAmealco de Bonfil · Private | 132 | 0 | 0 | 1 |
| Corporativo Internacional Universitario Campus San Juan del RioSan Juan del Río · Private | 126 | 44 | 41 | 1 |
| Instituto EsgaSan Juan del Río · Private | 125 | 0 | 0 | 1 |
| Centro Universitario Internacional de Mexico, Campus QueretaroQuerétaro · Private | 121 | 15 | 15 | 1 |
| Instituto Universitario UniemQuerétaro · Private | 119 | 0 | 0 | 1 |
| Instituto Universitario del Centro de Mexico Campus San Juan del RioSan Juan del Río · Private | 114 | 19 | 19 | 1 |
| Centro de Ingenieria y Desarrollo IndustrialQuerétaro · Public | 105 | 27 | 27 | 1 |
| Centro de Investigacion en Ciencia Aplicada y Tecnologia Avanzada del IPNQuerétaro · Public | 104 | 12 | 7 | 1 |